- SVG ist ein einfaches, XML-basiertes Vektorformat, das auf fast allen Plattformen unterstützt wird und mit eingebetteten Skripten interaktive Visualisierungen umsetzen kann
- Ein vor 20 Jahren für die Myzel-Netzwerk-Forschung erstelltes SVG-Visualisierungstool funktioniert auch heute noch fehlerfrei in modernen Browsern, was die Beständigkeit des Formats belegt
- Mit einer einzelnen autarken SVG-Datei können Datenladen, Verarbeitung, Visualisierung und Interaktion vollständig clientseitig durchgeführt werden
- Im Zusammenhang mit Anils vier P (Permanence, Provenance, Permission, Placement) werden die Eigenschaften von SVG bezüglich Persistenz, Versionsverwaltungskompatibilität, Berechtigungsmodell und räumlicher Ausdruckskraft hervorgehoben
- Durch die gestiegene Rechenleistung moderner Browser wird es möglich, die gesamte Datenanalyse-Pipeline innerhalb von SVG umzusetzen, was für ein Werkzeug zur Verbesserung von Forschungsfreigabe und Reproduzierbarkeit wichtig ist
Das Potenzial von SVG und das Ideal wissenschaftlicher Publikationen
- SVG ist ein einfaches XML-Vektorformat, das auf allen Geräten scharf angezeigt wird und die Erstellung von interaktiven Inhalten durch eingebettete Skripte ermöglicht
- Eine leistungsfähige Funktion, die den meisten Nutzenden nicht bewusst ist, die aber deutlich stärker genutzt werden kann
- Das Ideal wird formuliert, dass wissenschaftliche Fachartikel ein vollständiges interaktives Umfeld bereitstellen sollten, das Datenerkundung und Reproduzierbarkeit von Experimenten unterstützt
- Manche Experimente sind kurzfristig nicht reproduzierbar, weil Zeit und Kosten entgegenstehen; in der Informatik sind sie jedoch gut umsetzbar
Wiederentdeckung eines vor 20 Jahren entwickelten SVG-Visualisierungstools
- Während meiner Postdoc-Zeit an der Plant Science an der Universität Cambridge wurde ein SVG-basiertes Visualisierungstool für die Synergieforschung an Myzel-Netzwerken entwickelt
- Es war dafür ausgelegt, Myzel-Netzwerkdaten zu erkunden, die in echten Petrischalen gewachsen sind
- Als ich das SVG kürzlich erneut ausführteste, zeigte sich, dass der Code, der damals Firefox 1.5 oder das Adobe SVG-Plugin erforderte, in den neuesten Browsern perfekt funktioniert
- Das ist ein Beleg für die langfristige Kompatibilität und Stabilität des SVG-Formats
Struktur einer vollständig autarken SVG
- Mit einer einzelnen SVG-Datei lässt sich das Laden, Verarbeiten, Visualisieren und die Interaktion vollständig abbilden
- Daten können entweder aus einem externen Versionsspeicher geladen oder direkt innerhalb der Datei eingebettet werden
- Alle Berechnungen laufen im Client-Browser; serverseitige Logik ist nicht erforderlich
- Eine einfache Bereitstellung und gemeinsame Nutzung ist über einen statischen Webserver möglich
Verknüpfung mit Anils „vier P“
- Permanence: SVG kann wie ein wissenschaftlicher Artikel oder Datensatz mit einer DOI ausgestattet werden; dass eine 20 Jahre alte Datei immer noch läuft, unterstreicht das
- Provenance: SVG ist textbasiert und damit mit Versionsverwaltungssystemen wie Git kompatibel; bei externer Datennutzung können dieselben Rückverfolgbarkeitsstrategien gelten
- Permission: Daten und Verarbeitungslogik sind getrennt, daher lassen sich dieselben Berechtigungsmodelle wie bei normalen Daten anwenden
- Placement: SVG besitzt von Natur aus räumliche Darstellung; die Erstellung beispielsweise einer Weltkartenvisualisierung ist damit gut möglich
Verbessern Rechenleistung moderner Browser und neue Möglichkeiten
- Das vor 20 Jahren erstellte SVG war zunächst ein einfaches Visualisierungstool, doch durch die gestiegene Rechenleistung moderner Browser lässt sich heute die gesamte Datenanalyse-Pipeline innerhalb von SVG implementieren
- Selbst bei so leichter Rechenlast, dass der Laptop-Lüfter nicht hochdreht, ist das machbar
SVG im Umfeld der Forschungsteilung
- Neben Jupyter Notebooks, Marimo notebooks, der Kombination aus slipshow/x-ocaml, Forester und persönlichen Notebook-Projekten
- wird SVG als Werkzeug hinzugefügt, das einfaches Teilen und Zusammensetzen von Forschungsergebnissen unterstützt
- Diese Werkzeuge sind Teil der andauernden Bemühungen, kollaborative und reproduzierbare Forschungsumgebungen aufzubauen
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