2 Punkte von GN⁺ 2025-12-13 | Noch keine Kommentare. | Auf WhatsApp teilen
  • SVG ist ein einfaches, XML-basiertes Vektorformat, das auf fast allen Plattformen unterstützt wird und mit eingebetteten Skripten interaktive Visualisierungen umsetzen kann
  • Ein vor 20 Jahren für die Myzel-Netzwerk-Forschung erstelltes SVG-Visualisierungstool funktioniert auch heute noch fehlerfrei in modernen Browsern, was die Beständigkeit des Formats belegt
  • Mit einer einzelnen autarken SVG-Datei können Datenladen, Verarbeitung, Visualisierung und Interaktion vollständig clientseitig durchgeführt werden
  • Im Zusammenhang mit Anils vier P (Permanence, Provenance, Permission, Placement) werden die Eigenschaften von SVG bezüglich Persistenz, Versionsverwaltungskompatibilität, Berechtigungsmodell und räumlicher Ausdruckskraft hervorgehoben
  • Durch die gestiegene Rechenleistung moderner Browser wird es möglich, die gesamte Datenanalyse-Pipeline innerhalb von SVG umzusetzen, was für ein Werkzeug zur Verbesserung von Forschungsfreigabe und Reproduzierbarkeit wichtig ist

Das Potenzial von SVG und das Ideal wissenschaftlicher Publikationen

  • SVG ist ein einfaches XML-Vektorformat, das auf allen Geräten scharf angezeigt wird und die Erstellung von interaktiven Inhalten durch eingebettete Skripte ermöglicht
    • Eine leistungsfähige Funktion, die den meisten Nutzenden nicht bewusst ist, die aber deutlich stärker genutzt werden kann
  • Das Ideal wird formuliert, dass wissenschaftliche Fachartikel ein vollständiges interaktives Umfeld bereitstellen sollten, das Datenerkundung und Reproduzierbarkeit von Experimenten unterstützt
    • Manche Experimente sind kurzfristig nicht reproduzierbar, weil Zeit und Kosten entgegenstehen; in der Informatik sind sie jedoch gut umsetzbar

Wiederentdeckung eines vor 20 Jahren entwickelten SVG-Visualisierungstools

  • Während meiner Postdoc-Zeit an der Plant Science an der Universität Cambridge wurde ein SVG-basiertes Visualisierungstool für die Synergieforschung an Myzel-Netzwerken entwickelt
    • Es war dafür ausgelegt, Myzel-Netzwerkdaten zu erkunden, die in echten Petrischalen gewachsen sind
  • Als ich das SVG kürzlich erneut ausführteste, zeigte sich, dass der Code, der damals Firefox 1.5 oder das Adobe SVG-Plugin erforderte, in den neuesten Browsern perfekt funktioniert
    • Das ist ein Beleg für die langfristige Kompatibilität und Stabilität des SVG-Formats

Struktur einer vollständig autarken SVG

  • Mit einer einzelnen SVG-Datei lässt sich das Laden, Verarbeiten, Visualisieren und die Interaktion vollständig abbilden
    • Daten können entweder aus einem externen Versionsspeicher geladen oder direkt innerhalb der Datei eingebettet werden
    • Alle Berechnungen laufen im Client-Browser; serverseitige Logik ist nicht erforderlich
    • Eine einfache Bereitstellung und gemeinsame Nutzung ist über einen statischen Webserver möglich

Verknüpfung mit Anils „vier P“

  • Permanence: SVG kann wie ein wissenschaftlicher Artikel oder Datensatz mit einer DOI ausgestattet werden; dass eine 20 Jahre alte Datei immer noch läuft, unterstreicht das
  • Provenance: SVG ist textbasiert und damit mit Versionsverwaltungssystemen wie Git kompatibel; bei externer Datennutzung können dieselben Rückverfolgbarkeitsstrategien gelten
  • Permission: Daten und Verarbeitungslogik sind getrennt, daher lassen sich dieselben Berechtigungsmodelle wie bei normalen Daten anwenden
  • Placement: SVG besitzt von Natur aus räumliche Darstellung; die Erstellung beispielsweise einer Weltkartenvisualisierung ist damit gut möglich

Verbessern Rechenleistung moderner Browser und neue Möglichkeiten

  • Das vor 20 Jahren erstellte SVG war zunächst ein einfaches Visualisierungstool, doch durch die gestiegene Rechenleistung moderner Browser lässt sich heute die gesamte Datenanalyse-Pipeline innerhalb von SVG implementieren
    • Selbst bei so leichter Rechenlast, dass der Laptop-Lüfter nicht hochdreht, ist das machbar

SVG im Umfeld der Forschungsteilung

  • Neben Jupyter Notebooks, Marimo notebooks, der Kombination aus slipshow/x-ocaml, Forester und persönlichen Notebook-Projekten
    • wird SVG als Werkzeug hinzugefügt, das einfaches Teilen und Zusammensetzen von Forschungsergebnissen unterstützt
  • Diese Werkzeuge sind Teil der andauernden Bemühungen, kollaborative und reproduzierbare Forschungsumgebungen aufzubauen

Noch keine Kommentare.

Noch keine Kommentare.